Klasztor został zniesiony na mocy protokołu z 18 czerwca 1806 roku, będącego wykonaniem dekretu Królestwa Włoch z 8 czerwca 1805 roku W 1809 roku został przeznaczony (razem z sąsiednią Scuola Grande di San Marco) na szpital wojskowy, a w 1819 – na szpital cywilny. W wyniku zniesienia przez Napoleona kilku kościołów, San Marina i San Maria dei Servi, kilka monumentów, w tym nagrobek doży Andrei Vendramina, przeniesiono do kościoła San Giovanni e Paolo. W 1810 roku dotychczasowy kościół klasztorny stał się kościołem parafialnym. W XIX wieku przebudowano XVIII-wieczne lunety nawy południowej na neogotyckie, trzyczęściowe okna. W 1922 roku podczas napraw uszkodzeń, jakich kościół doznał w wyniku I wojny światowej przywrócono dwa małe, okrągłe okna w fasadzie.
5 września 1922 roku papież Pius XI nadał kościołowi Santi Giovanni e Paolo tytuł bazyliki mniejszej.
W październiku 1959 roku zakończył się remont Kaplicy Różańcowej.
Architektura Wygląd zewnętrzny Bazylika Santi Giovanni e Paolo znajduje się przy placu Campo Santi Giovanni e Paolo, najbardziej monumentalnym, po placu św. Marka, placu weneckim.