Pod koniec 1944 znalazł się w Rzeszowie, gdzie znalazł zatrudnienie w Izbie Rolniczej, w której organizował kursy rolne.

Po zakończeniu wojny zamieszkał w Warszawie; otrzymał stanowisko adiunkta w Katedrze Gleboznawstwa Szkoły Głównej Gospodarstwa Wiejskiego. Równolegle dojeżdżał do Rzeszowa, gdzie od 1945 był dyrektorem Izby Rolniczej. W 1946, po przeniesieniu się prof. Jana Tomaszewskiego do Wrocławia, na Uniwersytecie Marii Curie-Skłodowskiej zwolniło się stanowisko kierownika Katedry Gleboznawstwa na Wydziale Rolnym; Bohdan Dobrzański objął je w charakterze zastępcy profesora. Równocześnie został kuratorem Katedry Nawożenia i Żywienia Roślin; stanowisko to zajmował do 1949. W 1949 przedstawił pracę dotyczącą gleb lessowych północnej krawędzi Podola i ich właściwości, i uzyskał stopień doktora habilitowanego. W 1951 został profesorem nadzwyczajnym, a w 1956 profesorem zwyczajnym. W 1955 powierzono mu organizację Wyższej Szkoły Rolniczej, która powstała z Wydziału Rolnego, Weterynaryjnego i Zootechnicznego UMCS. Przez kolejne cztery lata pełnił tam funkcję rektora. Doprowadził do powstania w 1955 pierwszej w Polsce Katedry Gleboznawstwa na Wydziale Biologii i Nauk o Ziemi Wyższej Szkoły Rolniczej w Lublinie.