W 1967 należał do członków założycieli Europejskiego Towarzystwa Nefrologii Pediatrycznej, rok później został członkiem zarządu. Uzyskał stypendium Ministerstwa Zdrowia i przebywał w Klinice Pediatrycznej w Pecs, a następnie WHO w Paryżu, gdzie pracował w Ośrodku Badania Chorób Przemiany Materii u Dzieci pod kierunkiem prof. Pierre Royera. W 1974 przeniósł się do II Kliniki Ogólnopediatrycznej Instytutu Pediatrii, a 1 października 1980 otrzymał stanowisko kierownika Kliniki Chorób Zakaźnych, z dniem 30 września 1997 przeszedł w stan spoczynku.
Dorobek naukowy Dorobek naukowy prof. Mariana Wojnarowskiego obejmuje ok. 100 prac, większość z nich dotyczy nefrologii, a w szczególności fitopatologii nerek, gospodarki elektrolitowo-wodnej i kwasowo-zasadowej oraz patologii chorób nerek. Ustalił normy przesączania kłębuszkowego u dzieci, udowodnił, że dojrzewanie czynności filtracyjnej u dzieci zachodzi w pierwszym i drugim roku życia, ale brak dojrzałości nie powoduje niewydolności nerek mimo ograniczonych zdolności osmotycznych.