Pierwotnie na tym terenie znajdowało się miejsce, w którym do końca II wieku wydobywano pucolanę. Następnie Rzymianie zaczęli chować tam zmarłych. Odnotowuje się katakumby niewolników i wolnych. Nie brak też grobów monumentalnych, szczególnie w ścianach dawnego wyrobiska. W mauzoleach tych znajdują się symbole kotwicy i ryby, co może świadczyć o późniejszym ponownym ich użyciu przez chrześcijan. W tym początkowym okresie zaczęto już żłobić ciągi galerii grzebalnych.
W połowie III wieku dawne wyrobisko zostało zasypane. Na wyższym poziomie archeolodzy odnaleźli: salę z portykiem, służącą jako miejsce pochówków z 600 graffiti zawierającymi wezwania do świętych Piotra i Pawła; edykułę wyłożoną marmurem, uznaną za miejsce przechowywania relikwii apostolskich, w czasach, gdy zostały one przeniesione do katakumb; pomieszczenie ze zbiornikiem na wodę. Przeniesienie relikwii Piotra i Pawła do katakumb w połowie III wieku i ich odniesienie do miejsc pierwotnego spoczynku na początku IV wieku pozostaje wciąż kwestią sporną dla historyków i archeologów.
W pierwszej połowie IV wieku powyższe pomieszczenia zostały zasypane. Na tym terenie wzniesiono bazylikę konstantyńską.