Latem 2012 Duque za sumę 850 tysięcy dolarów przeniósł się do krajowego giganta – Atlético Nacional ze stołecznego Medellín. Przez kolejne trzy lata był kluczowym graczem odnoszącej liczne sukcesy drużyny Juana Carlosa Osorio. Premierowe bramki w najwyższej klasie rozgrywkowej strzelił 25 sierpnia 2012 w wygranym 3:1 spotkaniu z Deportes Tolima, kiedy to dwukrotnie wpisał się na listę strzelców. Jeszcze w tym samym roku zdobył superpuchar kraju – Superliga Colombiana (zanotował wówczas trzy gole), lecz już w sierpniu podczas ligowego meczu zerwał więzadła krzyżowe, wobec czego musiał pauzować przez siedem miesięcy. Pod jego nieobecność klub zdobył puchar Kolumbii – Copa Colombia. W sezonie Apertura 2013, już po rekonwalescencji, wywalczył z Atlético Nacional swoje pierwsze mistrzostwo Kolumbii, zaś kolejny tytuł mistrzowski zdobył sześć miesięcy później, z sezonie Finalización 2013.