Taksonomia Gatunek po raz pierwszy, zgodnie z zasadami nazewnictwa binominalnego, opisał w 1766 roku szwedzki przyrodnik Karol Linneusz w 12. edycji swego dzieła Systema Naturae, nadając mu nazwę Falco superciliosus. Jako miejsce typowe odłowienia holotypu Linneusz wskazał Surinam (łac. „habitat in Surinamo”). Podgatunek fontainieri został formalnie opisany w 1853 roku przez francuskiego przyrodnika Karola Lucjana Bonaparte pod nazwą Accipiter fontainieri. Bonaparte nie podał lokalizacji miejsca typowego; w 1949 roku Carl Eduard Hellmayr i Henry Boardman Conover wykazali, że holotyp pochodził z Santa Cruz, w Magdalenie w Kolumbii.
Dawniej krogulczyka drobnego zaliczano do rodzaju Accipiter, lecz badania szkieletu poparte danymi genetycznymi sugerują, że gatunek ten nie należy do rodzaju Accipiter i być może nie jest bliżej związany z żadną z grup w obrębie Accipitrini. Storrs L. Olson zasugerował umieszczenie A. superciliosus w monotypowym rodzaju Hieraspiza, lecz gatunkiem typowym tego rodzaju był już Accipiter virgatus, mianowany nim przez autora opisu rodzaju (Hieraspiza) Johanna Jakoba Kaupa, stąd zachodziła potrzeba utworzenia nowej nazwy rodzajowej dla ww. gatunku. W 2021 roku Sangster i współpracownicy, bazując na wielu analizach filogenetycznych, utworzyli dla M. superciliosus i M.