Premier Lionel Zinsou 1 grudnia 2015 roku ogłosił swoją kandydaturę z ramienia partii Forces Cauris pour un Bénin Emergent. Do tej samej partii należał urzędujący wówczas ustępujący prezydent. Zapowiedział, że jako prezydent położy nacisk na finansowanie rolnictwa i wspomoże nieformalnych pracowników w uzyskaniu formalnego zatrudnienia. Jego francuskie pochodzenie (jest urodzonym i wychowanym w Paryżu francuzem) budziło wiele kontrowersji. Przywódca związku zawodowego przeciwników Zinsou nazwał premiera kolonizatorem, który będzie tuszował przestępstwa gospodarcze Yayi Boniego. Rząd bronił Zinsou podkreślając, że posiada on pełne obywatelstwo benińskie, a jego przeciwnicy odwołują się do podstawowych instynktów – nienawiści, rasizmu, strachu i nietolerancji.
Komisja wyborcza ogłosiła 13 stycznia 2016, że 48 osób zgłosiło swoją kandydaturę i wypełniło niezbędne dokumenty, jednak nie zostali jeszcze zatwierdzeni przez Trybunał Konstytucyjny. Była to największa liczba zgłoszonych kandydatów w historii Beninu. Każdy kandydat musiał wpłacić kaucję 25 000 dolarów i złożyć oświadczenie zdrowotne w celu potwierdzenia dobrego stanu zdrowia. Trybunał odrzucił 11 kandydatur z powodu niespełnienia wszystkich wymagań.