Grupę Niszczycieli, a jej dowództwo objął Nishimura.

Awansowany na kapitana w 1934 przez krótki okres dowodził 19. Grupą Niszczycieli, a następnie służył jako dowódca krążownika „Kumano” oraz zmodernizowanego pancernika „Haruna”. 15 listopada 1940 został awansowany na kontradmirała, a 1 listopada 1943 na wiceadmirała.

Zyskał sławę dowodząc 4. Dywizjonem Niszczycieli (Wschodni Zespół Uderzeniowy) podczas zwycięskiej bitwy na Morzu Jawajskim. W czerwcu 1942 został mianowany dowódcą 7. Dywizjonu Krążowników i brał udział w walkach o Guadalcanal.

Pod koniec wojny został mianowany dowódcą Zespołu Południowego i jako taki brał udział w operacji „Sho-Go”, mającej na celu doprowadzenie do ostatecznej i decydującej bitwy morskiej z US Navy w rejonie Filipin. Zespół Nishimury składał się z pancerników: „Fusō”, „Yamashiro”, ciężkiego krążownika „Mogami” oraz niszczycieli: , , , . Wieczorem 24 października 1944 w Cieśninie Surigao w pobliżu wyspy Leyte doszło do bitwy pomiędzy siłami Nishimury a amerykańską Siódmą Flotą pod dowództwem kontradmirała Jesse Oldendorfa, która składała się z 6. pancerników, 8. krążowników, 29. niszczycieli i innych mniejszych jednostek. W trakcie walki zespół Nishimury został zniszczony, gdy Amerykanom udało się wymanewrować przeciwnika i zastosować manewr nazywany „poprzeczką nad T”.