Margarete pozostała w ZSRR do 1937, gdy w związku z Wielkim terrorem życie stało się niebezpieczne. Wyjechała wraz z mężem do Londynu, a później Paryża. W 1938 przenieśli się do Stambułu, gdzie wykładali w Akademii Sztuk Pięknych. Margarete projektowała również pawilony dla przedszkoli opartych o idee Marii Montessori. Poznała austriackiego architekta Herberta Eichholzera, który organizował komunistyczny ruch oporu przeciw reżimowi nazistowskiemu. W 1939 wstąpiła do Komunistycznej Partii Austrii, a w 1940 wróciła do Wiednia wraz z Eichholzerem, by nawiązać kontakt z austriackim ruchem oporu. Po uzgodnieniu spotkania w celu zorganizowania trasy komunikacji do Stambułu spotkała się 22 stycznia 1941 w Cafe Viktoria z członkiem ruchu oporu o pseudonimie „Gerber”. W czasie spotkania zostali aresztowani przez Gestapo. Reszta grupy, w tym Eichholzer, została oskarżona o zdradę, skazana na śmierć i stracona w 1943 r. Margarete otrzymała wyrok jedynie 15 lat więzienia i osadzona została w więzieniu w Aichach w Bawarii. 29 kwietnia 1945 została uwolniona przez wojska amerykańskie.