W 1974 roku rząd rozpoczął zorganizowaną walkę zbrojną przeciwko MNLF. Marcos rozpoczął także rozmowy dyplomatyczne, które miały zakończyć walkę zbrojną w zamian za ustępstwa. 23 grudnia 1976 w Trypolisie zakończono rozmowy pokojowe pomiędzy rządem a organizacją. W wyniku rozmów przerwano ogień i utworzono 13 prowincji w autonomicznym regionie Mindanao i Sulu.
W 1977 roku Haszim Salamat doprowadził do rozłamu w MNLF, nie akceptując promowanego wówczas umiarkowanego stanowiska grupy w relacjach z władzą filipińską. W wyniku rozpadu powstał Islamski Front Wyzwolenia Moro. W 1991 roku z MNLF wyłoniła się organizacja Abu Sajjafa.
MNLF zawarł formalne porozumienie z rządem w 1997 roku. 17 czerwca 2002 Nur Misuari zerwał porozumienie, atakując armię na wyspie Jolo. 22 czerwca 2002 roku malezyjska policja aresztowała Nura Misuariego i sześciu jego współpracowników.
W sierpniu 2013 roku lider organizacji ogłosił powstanie niepodległej, islamskiej republiki na obszarze południowych wysp Filipin. Od 9 do 23 września 2013 roku Narodowy Front Wyzwolenia Moro walczył z siłami bezpieczeństwa w mieście Zamboanga.