Po trzech latach w 1988 po raz kolejny startował w mistrzostwach Litewskiej SRR.
Po uzyskaniu niepodległości przez Litwę w 1990 roku i organizowaniu własnych mistrzostw klub Azotas został przydzielony do pierwszej ligi, w której zajął 4. miejsce w strefie wschodniej. W 1991 po reorganizacji systemu lig klub został zdegradowany do drugiej ligi. W sezonie 1991/92 zajął pierwsze miejsce w strefie południowej i powrócił do I ligi. W sezonie 1992/93 zajął pierwsze miejsce w I lidze, ale w związku ze skróceniem ilości drużyn w najwyższej lidze nie otrzymał awansu. W 1994 po zmianie nazwy zakładu na Achema klub przyjął nazwę FK Achema-Lietava.
W 1996 zmienił nazwę na FK Lietava.
W sezonie 1998/99 ponownie zajął pierwsze miejsce w I lidze, ale w związku ze skróceniem ilości drużyn w najwyższej lidze znów nie otrzymał awansu. W 2012 po raz trzeci zajął pierwsze miejsce w I lidze, ale tak jak i w poprzednich zwycięskich sezonach nie otrzymał promocji z przyczyn skrócenia ilości drużyn w najwyższej lidze. W 2015 uplasował się na pierwszej pozycji, i tym razem awansował do najwyższej ligi Mistrzostw Litwy.
W 2016 debiutancki sezon 2016 w A lyga.
13 lutego 2017 roku Komitet Wykonawczy Litewskiego Związku Piłki Nożnej (LFF) formalnie zatwierdził nową nazwę klubu – FK Jonava.