Romero zaczął zbierać dokumentację zbrodni reżimu, co jeszcze bardziej rozwścieczyło prawicową juntę kraju. W 1979 roku arcybiskup pojechał do Rzymu. Uzyskał audiencję u papieża Jana Pawła II i przedstawił mu dokumenty dotyczące łamania praw człowieka w Salwadorze. Uważano, że jego postawa spotkała się jednak z krytyką ze strony papieża. Niemniej historyk Roberto Morozzo della Rocca, który zrekonstruował tamte wydarzenia i m.in. spotkanie z papieżem, w książce „Primero Dios. Vita di Oscar Romero” uważa, że podczas drugiego spotkania Romero z papieżem (w 1980 roku) Jan Paweł II obdarzył go zaufaniem i nawiązał z nim osobistą więź.
Romero był zdania, że trudno jest popierać rząd Salwadoru, który usankcjonował terror i zabójstwa przeciwników politycznych. Po tej wizycie od Romero odwróciło się wielu biskupów, w maju wysłali oni do Watykanu list ze skargą na Romero, oskarżając go o to, że próbuje uzyskiwać swoją osobistą popularność, o podżeganie do rewolucji i sprzyjanie walce klas w Salwadorze.