Odkrycie tej zmienności przyczyniło się także do sformułowania koncepcji ewolucji neutralnej, inicjując debatę pomiędzy „neutralistami” a „selekcjonistami”, uważającymi że obserwowana zmienność genetyczna jest rezultatem doboru naturalnego.
Allozymy okazały się być wygodnym markerem genetycznym, pozwalającym na porównanie jak bardzo populacje i gatunki różnią się pomiędzy sobą pod względem genetycznym. Analiza allozymów pozwoliła np. na pierwsze próby tworzenia zegarów molekularnych i ustalania filogenezy na podstawie podobieństw genetycznych, ustalanie rodzicielstwa, na badanie przepływu genów u hybrydyzujących gatunków, wpływu doboru naturalnego na populacje (np. mechanizmów utrzymywania różnorodności biologicznej) i pozwoliła przetestować przewidywania koncepcji ewolucji neutralnej.
Analiza allozymów znalazła zastosowanie w medycynie sądowej i ochronie prawnej zagrożonych gatunków.