Został tylko jeden ołtarz przedstawiający Wniebowzięcie NMP. Od 1671 roku franciszkanie rozpoczęli prace budowlane. Od 18 października 1675 roku świątynia nosiła nowe wezwanie św. Piotra z Alkantary. W tym dniu ponownie kościół został konsekrowany. Wnętrze kościoła przebudowano, nadając mu cechy barokowe. W 1681 roku osadzono wieżyczkę na dachu prezbiterium.
W 1810 roku, w wyniku upaństwowienia majątków klasztornych, kościół został zamknięty. Ostatnie nabożeństwo odprawiono 2 maja 1812 roku. Świątynię zamieniono na magazyn wojskowy. Trzynaście lat później kupiły go władze miejskie, zamieniając świątynię na spichlerz. Zamurowano wówczas część okien. Wyposażenie sprzedano lub przekazano do innych kościołów. Do dzisiaj w kościele pw. Świętych Apostołów Piotra i Pawła w Namysłowie znajdują się ołtarze: Św. Piotra z Alkantary, Św. Antoniego, Św. Franciszka, Krzyża Świętego Stacje Drogi Krzyżowej. Do Bogacicy trafił ołtarz Czternastu Wspomożycieli. Marmurowa posadzka została zerwana i w 1814 przekazana Kościołowi ewangelickiemu.
W 1905 roku odnowiono wieżyczkę, a w latach 1924–1925 wyremontowano dach. Po II wojnie światowej kościół nadal służył jako magazyn, przechowywano tu m.in. części samochodowe, nawozy i beczki na piwo.