W 1944 objął stanowisko dyrektora Lasów Państwowych w Rzeszowie, a także stanął na czele Instytutu Badawczego Leśnictwa z siedzibą w Lublinie. W marcu 1945 ponownie zamieszkał w Warszawie, został profesorem zwyczajnym SGGW. W 1949 został przewodniczącym Zarządu Głównego Polskiego Towarzystwa Leśnego i pełnił tę funkcję do śmierci w 1980 (w 1957 został Członkiem Honorowym PTL), równocześnie od 1964 przez cztery lata był prezesem Zarządu Głównego Ligi Ochrony Przyrody. Od 1958 do 1972 pełnił funkcję sekretarza naukowego Wydziału V Polskiej Akademii Nauk, dzięki jego działaniom w 1968 Rada Ministrów uznała Ligę Ochrony Przyrody za Stowarzyszenie Wyższej Użyteczności. XI Krajowy Zjazd Delegatów Ligi nadał prof. Franciszkowi Krzysikowi godność Członka Honorowego Stowarzyszenia, w tym samym roku został członkiem International Academy of Wood Science. Laureat Nagrody Państwowej II stopnia.
Zmarł w Warszawie, pochowany w Krynicy-Zdroju.
Członkostwo Członek zwyczajny Towarzystwa Naukowego WarszawskiegoCzłonkowie zmarli od początku działalności TNW, Rocznik TNW nr.