9 grudnia 2003, Nakamura pokonał Hiroyoshiego Tenzana w pojedynku o IWGP Heavyweight Championship, stając się najmłodszym zdobywcą tytułu w historii. 4 stycznia 2004, na Wrestling World 2004, Nakamura wygrał walkę z NFW Heavyweight Championem Yoshihiro Takayamą i zunifikował dwa mistrzostwa. Miesiąc później, Nakamura zmuszony został do zawieszenia tytułu z powodu kontuzji. Po powrocie otrzymał szansę walki z ówczesnym posiadaczem mistrzostwa – Bobem Sappem, lecz nie zdołał go pokonać. 22 maja 2004, Nakamura stoczył swoją ostatnią walkę MMA; zmusił Aleksieja Ignaszowa do poddania się. 11 grudnia, Nakamura i jego tag team partner, Hiroshi Tanahashi, zdobyli IWGP Tag Team Championship. 4 stycznia 2005, na Toukon Festival: Wrestling World 2005, Nakamura pokonał Tanahashiego w walce o IWGP U-30 Openweight Championship. 30 października 2005, Nakamura i Tanahashi utracili IWGP Tag Team Championship na rzecz Cho-Ten (Masahiro Chono i Hiroyoshiego Tenzana).
Tournée i powrót (2006–2009) 4 stycznia 2006, na Toukon Shidou Chapter 1, Nakamura zmierzył się z Brockiem Lesnarem w starciu o IWGP Heavyweight Championship, lecz nie zdołał pokonać mistrza. W marcu 2006 ogłosił, że wybierze się na tournée, aby nabrać więcej doświadczenia i polepszyć swoje umiejętności ringowe.