Wśród ryb zagrożony jest łosoś syberyjski.
Historia Na pierwsze ślady człowieka natrafiono w znajdującej się poza granicami Parku Narodowego „Baszkiria”, w Rezerwacie przyrody „Szulgan-Tasz”, Jaskini Kapowej (Szulgan-Tasz). Znajdują się tam rysunki naskalne z czasu paleolitu przedstawiające zarówno zwierzęta, jak i abstrakcyjne kształty. Według analizy radiowęglowej ich wiek datowany jest na – lat p.n.e.
Obszar został rozsławiony przez jego rdzennych mieszkańców Baszkirów, którzy zajmowali się dzikim pszczelarstwem, polegającym na pozyskiwaniu miodu wprost z dziupli drzew, oraz zanoszeniu plastrów do specjalnie przygotowanych w tym celu jaskiń. Obecnie Baszkirzy kultywują tradycje swoich przodków. Sąsiadujący rezerwat entomologiczny Ałtyn-Sołok („Złota Barć”) służy ochronie pamięci tego historycznego przemysłu sięgającego początku XVI wieku.
Mimo że w XX wieku Baszkortostan stał się jedną z bardziej uprzemysłowionych i zaludnionych republik w Rosji, to obszar należący zarówno do Parku Narodowego „Baszkiria”, jak i do okolicznych rezerwatów pozostał w stosunkowo nienaruszonym stanie, zachowując duże znaczenie dla rekreacji i ochrony środowiska.