Pod koniec II wojny światowej Rodzajewski był przekonany, że system rządów Józefa Stalina ewoluuje w kierunku nacjonalizmu, odchodząc od komunizmu. 25 października 1945 poddał się władzom radzieckim w Harbinie w przekonaniu, że będzie mógł bezpiecznie powrócić do Rosji. Po przekroczeniu granicy radzieckiej został aresztowany wraz ze swoim współpracownikiem Lwem Ochotinem. 26 sierpnia 1946 stanął przed sądem wojskowym. Oskarżono go o prowadzenie działalności wrogiej wobec państwa radzieckiego, a także o działalność szpiegowską i terrorystyczną na terytorium ZSRR. 30 sierpnia sąd, którego obradom przewodniczył Wasilij Ulrich, skazał go na karę śmierci. W tym samym dniu został rozstrzelany w więzieniu na Łubiance. W 2001 ukazało się w Rosji jedno z dzieł Rodzajewskiego pt. Завещание Русского фашиста („Ostatnia wola rosyjskiego faszysty”).
Życie osobiste Konstantin Rodzajewski był dwukrotnie żonaty. Pierwszą jego żoną była Lidija Georgijewna Małkowa, z którą ożenił się w 1929. Z tego związku przyszło na świat dwoje dzieci, które zmarły w pierwszych latach życia.