W latach 1996–2001 zamojska firma „Renowator” prowadziła w budynkach prace remontowe. 31 maja 2001 roku papież Jan Paweł II podpisał dekret Stolicy Apostolskiej o otwarciu seminarium. Po 62 latach przerwy, 12 września 2001 roku otwarto Międzydiecezjalne Wyższe Seminarium Duchowne im. św. Tomasza z Akwinu. Na I roku rozpoczęło studia 17 alumnów z trzech białoruskich diecezji. Pierwszym rektorem został ks. abp Kazimierz Świątek, a prefektem ks. Jerzy Kosobucki, późniejszy biskup.
Zachodnią część budynków poklasztornych zajmuje kuria diecezji pińskiej. Przylega do nich bazylika katedralna Wniebowzięcia Najświętszej Maryi Panny. Kościół i klasztor zbudowano w latach 1712 – 1730 w stylu barokowym. Zbiory przedwojennej biblioteki seminaryjnej zostały prawdopodobnie wywiezione przez wojsko sowieckie. Obecna biblioteka posiada około 10 tysięcy pozycji.
Obecnie rektorem jest ks. Andrzej Ryłko.
Rektorzy WSD imię i nazwiskodaty urzędowaniaKs. Witold Iwicki 1925–1926Ks. Jan Wasilewski1926–1933Ks. bp Karol Niemira1933–1935Ks. Aleksy Petrani 1935–1939Ks. Kazimierz Świątek 2001–2003 Ks. Jan Salamon2003–2015Ks. Andrzej Ryłko2015
Inni wykładowcy ks. Michał Krzywicki ks. Edmund Roszak SJ