Marii Magdaleny cieszył się powszechnym uznaniem i szacunkiem, a oferty współpracy spływały doń z wielu kierunków, czasami tak nieoczekiwanych, jak rzymskokatolicka kuria biskupia czy gmina żydowska.
Kresem wielkiej kariery Gerharda Zeggerta, w znaczeniu nie tylko ówczesnym i miejscowym – wrocławskim, ale przede wszystkim społecznym i osobistym, było oblężenie miasta przez Armię Czerwoną i powojenne wysiedlenie. Muzyk ten, mając 49 lat, stracił wszystko, co było mu do tej pory najdroższe i co – wiele na to wskazuje – nadawało sens jego życiu: ukochane organy, kościół-miejsce pracy, możliwość koncertowania, dorobek kompozytorski, pozycję męża zaufania, a przede wszystkim: jedynego syna – Dietera.
W latach 1945–1946 Zeggert wraz z żoną i dwoma córkami – starszą Ingą i młodszą Ute – mieszkał w Cieplicach-Zdroju, gdzie sprawował funkcję kantora tamtejszego kościoła ewangelickiego, prowadził chór oraz organizował koncerty organowe (12 w Jeleniej Górze, 25 w Cieplicach, ponadto dwie prezentacje Requiem Mozarta tamże). W roku 1946 rodzina została przymusowo wysiedlona z terenów Polski. Zeggert podjął pracę jako chórmistrz i organista pomocniczy w kościele parafialnym w Rastede w Dolnej Saksonii, a następnie przyjął urząd kantora i organisty kościoła św. Jerzego w St. Georgen im Schwarzwald.