18 października 2013 roku na Zebraniu Generalnym PNKK w Kanadzie, które przekształciło się w Synod Kościoła w Mississauga, postanowiono ogłosić autokefalię diecezji kanadyjskiej. Kościół kanadyjski, którego częścią była tworząca się struktura misyjna w Polsce, przyjął samodzielną nazwę – Polski Narodowy Katolicki Kościół w Kanadzie. Biskupem Kościoła kanadyjskiego pozostał nadal biskup Sylwester Bigaj. W trakcie obrad Synodu wybrano dwóch biskupów pomocniczych: biskupa elekta Jerzego Urbańskiego dla Kościoła w Kanadzie (elekt nie przyjął sakry biskupiej) oraz biskupa elekta Adama Rośka dla tworzącego się w Polsce Kościoła (sakra biskupia w dniu 31 stycznia 2015 r. z rąk niezależnego biskupa Stanisława Sawickiego). W dniu 26 czerwca 2014 roku decyzją Ministra Administracji i Cyfryzacji, Kościół w Polsce został wpisany do rejestru kościołów i innych związków wyznaniowych pod pozycją 179 pod nazwą Polski Narodowy Katolicki Kościół w Kanadzie Seniorat Misyjny w Polsce.