Odejmowanie wykonuje się analogicznie, przy czym odjemną jest liczba ustawiona na wyświetlaczu wyniku, natomiast odjemnik reprezentowany jest przez zaznaczone czerwonym kolorem cyfry wskazane przez suwaki na tarczy kalkulatora. Można zauważyć, że sąsiadujące ze sobą pary białych i czerwonych cyfr odpowiadających miejscom dziesiątek i wyższym dopełniają się do 9, a miejscu jedności – do 10. Pozwala to na realizację operacji odejmowania dwóch liczb maksymalnie sześciocyfrowych za pomocą mechanizmu dodającego: do odjemnej dodawane jest dopełnienie odjemnika do (wskazywane przez białe cyfry), po czym z wyniku usunięta zostaje wiodąca jedynka. Takie rozwiązanie ułatwiło Hamannowi konstrukcję kalkulatora, jednak było niewygodne w użytkowaniu (nie można było ustawić 0 na pozycji jedności). W nowszej wersji kalkulatora, Mercedes Gauss, usunięto tę wadę, rezygnując z podziału na dwa rzędy cyfr.