Okazuje się jednak, że rzeczywiste wyniki nie zawsze odpowiadają wyliczeniom prowadzonym na podstawie policzonej czy oszacowanej całkowitej liczby osobników w populacji. Dzieje się tak, gdyż nie wszystkie osobniki należące do danej populacji biorą udział w rozrodzie, a więc w przekazywaniu genów następnemu pokoleniu. Tak więc osobniki nieuczestniczące w rozrodzie można w takich obliczeniach zaniedbać – ich geny nie są przekazywane dalej, osobniki te zachowują się bowiem tak, jakby nie istniały.
W efekcie tempo dryfu genetycznego odpowiadać będzie nie rzeczywistej całkowitej liczbie osobników w populacji, ale liczbie tych tylko, które biorą udział w rozrodzie. Wprowadza się wobec tego pojęcie efektywnej wielkości populacji odpowiadającej takiej wyimaginowanej populacji, w której wszystkie osobniki przystępują do rozrodu, a która jednocześnie pod względem dryfu zachowuje się tak samo, jak rozpatrywana rzeczywista populacja. W wyobrażonej populacji dryf zachodzi więc z taką samą szybkością, jak w populacji rzeczywistej. Miarę tej szybkości stanowi utrata heterozygotyczności.