23 listopada 1810 r. na mocy edyktu króla pruskiego Fryderyka Wilhelma III nastąpiła sekularyzacja klasztoru i kościoła. W 1812 r. kościół został przekazany parafii katolickiej wraz z północnym skrzydłem klasztoru. Pomieszczenia poklasztorne po wschodniej stronie zostały przebudowane i zamienione na pruskie koszary wojskowe. Architektura thumb|180px|lewo|Wnętrze kościoła Kościół to budowla jednonawowa z rzędami bocznych kaplic, na planie prostokąta, główna nawa posiada cztery przęsła oddzielone łukiem tęczowym od niższego i węższego prezbiterium. Sklepienie kolebkowe. Przy prezbiterium znajdują się empory z podwójnymi oknami. Główną zachodnią elewację barokowego kościoła, zwieńczoną potrójnym szczytem, zdobią umieszczone w niszach figury: prorokini Anna i starzec Symeon. Na osi środkowej znajduje się barokowy portal. Nad wejściem do kościoła umieszczono dwa herby: Habsburgów i Zakonu Karmelitów. Kościół jak wiele budowli barokowych nie posiada wieży, lecz ma jedynie drewnianą sygnaturkę. Jednym z ciekawszych zabytków klasztoru jest późnogotycka figura N.M.Panny umieszczona nad furtą klasztorną (wejściem bocznym), pochodząca prawdopodobnie z XV wieku.
Rokokowy ołtarz główny ozdabia obraz Apoteoza św. Karola Boromeusza z 1721 r.