Z okazji Międzynarodowego Roku Dziecka, w 1979 roku w WSzZ odbyło się Ogólnopolskie Sympozjum Medycyny Społecznej poświęcone opiece zdrowotnej pediatrycznej. 16 kwietnia 1980 roku dyrektorem szpitala został dr n. med. Stefan Janicki. W 1984 roku założono Wojewódzką Przychodnię Kardiologiczną i Zespół Wojewódzkich Poradni Specjalistycznych przy ul. Osiedlowej, nazywany potocznie Namysłowem. 1 marca 1984 roku dyrektorem szpitala został dr n. med. Wojciech Dziewulski. W 1986 roku włączono do WSzZ Poradnię Laryngologiczną. 1 września 1986 roku utworzono Oddział Kardiologii (ordynator dr Krystyna Jaworska). 6 października 1986 roku otworzono Stację Dializ Pozaustrojowych. 1 stycznia 1988 roku nowym dyrektorem szpitala został dr n. med. Jerzy Jakubiak. W 1989 roku w WSzZ wdrożono stałą profilaktykę dysplazji stawu biodrowego u noworodków wraz z diagnostyką USG. W 1990 roku utworzono Katedrę i Klinikę Chirurgii Ogólnej i Gastroenterologicznej Akademii Medycznej w Bydgoszczy z siedzibą w Toruniu oraz wyłączono ze struktury WSzZ: Szpital Dziecięcy, Szpital Zakaźny, Szpital Psychiatryczny, Dział Pomocy Doraźnej i Wojewódzką Przychodnię Stomatologiczną.