Około 1200 roku wzgórze zostaje umocnione. Powstają mury obronne, wieża obserwacyjna, ośmiokątna studnia, pałac biskupa . W latach 1253–1719 twierdza Marienberg staje się rezydencją książąt biskupów z Würzburga.
Oblężenie podczas powstania chłopskiego W roku 1525 podczas powstania chłopskiego twierdza Marienberg została oblężona. Ówcześnie panujący książę biskup Konrad II von Thüngen, który został pośpiesznie wyświęcony na stanowisko 6 maja 1525 roku, podjął obronę twierdzy. Dla sprzymierzeńców biskupa była ona miejscem, w którym mogli się bezpiecznie ukryć. W tym czasie powstańcy zdołali już splądrować Stammburg w Thüngen. Oblężenie miasta Würzburga rozpoczęło się 8 lub 9 maja 1525 roku. W oblężeniu brało udział według współczesnych źródeł 15 000Arnold, Klaus: Der Bauernkrieg, w: Unterfränkische Geschichte, Würzburg 1995, s. 73. oblegających, ówczesny pisarz miejski Martin Cronthal szacował natomiast ich liczebność na 38 000Lerch, Andreas: Der Bauernkrieg in Würzburg aus sozialgeschichtlicher Perspektive 1525, w: Mainfränkisches Jahrbuch für Kunst und Geschichte, Band 61, Volkach, 2009, s. 84.. Do dowódców oblężenia należeli Florian Geyer i Gotz von Berlichingen. Miasta bronili głównie jego mieszkańcy oraz pracownicy plantacji win.