Powrót do Rzeczypospolitej Z Francji powrócił jesienią 1769. Posiadał znaczne dobra ziemskie w woj. połockim i księstwie żmudzkim (m.in. Juchowicze, Orzechowno, Szo, Prozoroki, Sokoliszcze, Białe, Datnów), a jego długa nieobecność spowodowała wiele sporów granicznych z sąsiadami.
W 1770 na prywatnej audiencji u króla Stanisława Augusta uzyskał zgodę na scedowanie mu przez ojczyma i matkę bogatego starostwa jaśwojńskiego na Żmudzi. Po ogłoszeniu w Połocku w 1772 decyzji o pierwszym rozbiorze postanowił nie składać przysięgi wierności Katarzynie II. Rezydencję Niemirowiczów-Szczyttów w Juchowiczach przekazał siostrzeńcowi – Józefowi Chrapowickiemu, a sam wyjechał na tereny Rzeczypospolitej. Starostwo klaszyckie zostało skonfiskowane – Katarzyna II przekazała je Nikicie Paninowi.
W 1773 król Stanisław August mianował Krzysztofa Niemirowicza-Szczytta generałem-majorem wojsk litewskich.
Śmierć Zmarł w 1776. Został pochowany w kościele Bernardynów w należącym do niego Datnowie.
Krzysztof Niemirowicz-Szczytt nie założył rodziny. Był ostatnim z linii juchowickiej Niemirowiczów-Szczyttów.