Po rozbudowie w latach 1997-1999 Oddział Stacjonarny powiększono do 8 łóżek, a w 2005 r. do 18 łóżek. Od 1998 r. funkcjonuje Oddział Dziennego Pobytu. Powstała również Poradnia Medycyny Paliatywnej oraz Centrum Edukacji. Liczba chorych objętych opieką domową wahała się od 200 rocznie w 1992 r. do 720 w 2000 r., a na oddziale stacjonarnym – ok. 100 osób.
W 2005 r. hospicjum otrzymało status organizacji pożytku publicznego i uzyskało prawo prowadzenia staży z dziedziny medycyny paliatywnej. W 2012 r. oddano do użytku nowy pawilon, a w 2015 r. nową część oddziału stacjonarnego. Po rozbudowie hospicjum dysponowało 29 łóżkamiBoguszyński Mieczysław: Od warsztatu balwierskiego do szpitala klinicznego. Towarzystwo Miłośników Miasta Bydgoszczy. Bydgoszcz 2008. .
Dyrektorzy 1990-2010 – ks. prałat Romuald Biniak od 2010 – ks. prałat Józef Kubalewski
Nazwy 1990-1995 – Hospicjum przy parafii Świętych Polskich Braci Męczenników w Bydgoszczy 1995-2011 – Hospicjum im. księdza Jerzego Popiełuszki w Bydgoszczy przy Parafii Świętych Polskich Braci Męczenników w Bydgoszczy od 2011 – Hospicjum im.