Proces An-Nimr, podówczas niepełnoletni, został aresztowany 14 lutego 2012. Jak twierdzi jego ojciec, an-Nimr został zatrzymany przez tajne służby, których funkcjonariusze potrącili go samochodem, w wyniku czego doznał wielu złamań i innych urazów. Ali an-Nimr był przez kilka dni hospitalizowany, a następnie został przeniesiony do więzienia Generalnego Dyrektoriatu Śledczego (GDI) w Dammam. Jak sam twierdzi, po zatrzymaniu był torturowany.
27 maja 2014 roku an-Nimr został skazany na śmierć pod zarzutem udziału w demonstracjach antyrządowych, za posiadanie broni i stosowanie przemocy. Jego apelacje do saudyjskiego Specjalistycznego Trybunału Karnego i Sądu Najwyższego zostały odrzucone.
Od 23 września 2015 wyrok na an-Nimra czeka na ratyfikację przez króla króla Salmana. Dawoud al-Marhoon, inny nastolatek aresztowany w 2012 roku w czasie protestów w Prowincji Wschodniej, został na początku października 2015 również skazany na śmierć przez ścięcie, a wyrok zapadł na podstawie zeznań wymuszonych torturami podczas śledztwa„Second Saudi juvenile to face ‘beheading’ for protests”..