Powstańców wspomógł nawet książę Jülich i Bergu Wilhelm, który w 1496 zaręczył swoją córkę i dziedziczkę z najstarszym synem Jana, także Janem. W efekcie Jan został zmuszony do zawarcia w 1501 traktatu z opozycją, na mocy którego powołano 12-osobową radę, bez której zgody Jan nie mógł podejmować żadnych istotnych decyzji (nowych praw, nominacji urzędniczych czy nadań dóbr). Stany miały także kontrolować finansową politykę księcia. Jan później wielokrotnie próbował zrzucić krępujące go jarzmo kontroli stanów. Jednak w 1510 – aby zapewnić sobie zgodę stanów na ślub syna Jana z Marią, dziedziczką księstw Jülich i Bergu – zawarł kolejne porozumienie ze stanami, które dawało rycerstwu i mieszczanom dobrowolność płacenia podatków ze swych dóbr.
Dzięki temu małżeństwu już w 1511 syn Jan objął władzę Jülich i Bergu, a po śmierci Jana II zjednoczył Kleve, Mark, Jülich i Berg (a ponadto Ravensberg) tworząc znaczne państwo obejmujące większość terenów Westfalii i północnej Nadrenii.
Został pochowany w kościele Wniebowzięcia Najświętszej Marii Panny w Kleve.