W styczniu 2016 został dyrektorem TVP Kultura, gdzie prowadzi program „Chuligan literacki”. W listopadzie 2016 został prowadzącym audycji „Chuligan literacki” w Programie III Polskiego Radia. W 2017 za działalność w ramach tego programu otrzymał nagrodę „PIK-owy Laur” za promocję czytelnictwa. W czerwcu 2017 objął stanowisko dyrektora TVP1, trzy miesiące później rezygnując z kierowania stacją TVP Kultura. Funkcję dyrektora TVP1 sprawował do 1 marca 2018. 1 marca 2018 został wicedyrektorem ds. repertuaru Biura Programowego TVP. 25 kwietnia 2019 został członkiem zarządu TVP.
W listopadzie 2017 został członkiem Rady Polskiego Instytutu Sztuki Filmowej. W lutym 2018 został przewodniczącym zespołu ds. dobrego imienia i historii Polski przy TVP.
5 września 2022 został prezesem TVP, zastąpił na tym stanowisku Jacka Kurskiego. 19 grudnia 2023 Matyszkowicz został odwołany z funkcji prezesa TVP przez ministra kultury Bartłomieja Sienkiewicza. Jego funkcję przejął Tomasz Sygut. Sposób jego odwołania z funkcji prezesa TVP doprowadził do sporu o media publiczne w Polsce.
W sierpniu 2026 decyzją zarządu województwa lubelskiego został powołany na stanowisko dyrektora Teatru im. Juliusza Osterwy w Lublinie.
Jest członkiem jury Nagrody Literackiej im. Marka Nowakowskiego.