W latach 90. XX w. trwało poszerzanie oferty szpitala o nowe kliniki i poradnie. W 2006 r. szpital dysponował 737 łóżkami. W 4 klinikach i 11 oddziałach leczono 37 tys. pacjentów, a do poradni przyszpitalnych zgłosiło się 184 tys. osób. 3 listopada 2008 szpital przekazano pod jurysdykcję Collegium Medicum Uniwersytetu Mikołaja Kopernika zmieniając nazwę na Szpital Uniwersytecki nr 2 im. dr. Jana Biziela.
W kwietniu 2021 r. Collegium Medicum im. Ludwika Rydygiera w Bydgoszczy podpisało umowę z firmą Alstal na rozbudowę szpitalaSzpital Biziela zostanie rozbudowany. Umowa podpisana.
Nazwy 1980–1985 – Szpital Wojewódzki XXX-lecia 1985–1988 – Państwowy Szpital Kliniczny Akademii Medycznej w Bydgoszczy 1988–1990 – Szpital Wojewódzki XXX-lecia PRL 1990–2008 – Szpital Wojewódzki im. dr. Jana Biziela od 2008 – Szpital Uniwersytecki nr 2 im. dr. Jana Biziela