Wśród Irakijczyków z czasem narastało niezadowolenie z powodu amerykańskiej okupacji i przeświadczenie, że Amerykanie nie kontrolowali sytuacji w państwie. Zaczęły rozwijać się organizacje stawiające sobie za cel walkę zbrojną z wojskami koalicji. Współtworzyli je wyeliminowani z życia publicznego byli działacze partii Baas, podobnie jak osoby związane z rodziną obalonego dyktatora i byli funkcjonariusze irackich służb specjalnych. Partyzantka od wiosny 2003 systematycznie rosła w siłę. Byli baasiści stali na czele najważniejszych organizacji partyzanckich, walczących pod hasłami obrony islamu sunnickiego. Wielu z nich stanęło następnie na czele oddziałów terrorystycznych tworzących od 2014 Państwo Islamskie.
Już w 2004 pojawiły się opinie, że debasyfikacja dotknęła, obok najwyższego kręgu współpracowników Saddama Husajna, także osoby, które należały do partii po to, by móc pracować dla swojego kraju. Sugerowano, by przepisy o debasyfikacji zostały zrewidowane. W 2007 prezydent Stanów Zjednoczonych George W. Bush wymienił reformę praw dotyczących debasyfikacji wśród sześciu najważniejszych wyzwań, które stały przed irackim rządem i których realizacji mieli strzec Amerykanie.