Spowodowało to izolację organizacji od pozostałych emigracyjnych opozycyjnych irackich formacji szyickich, w tym najsilniejszej, Zewu Islamu; były one niechętne zarówno takiej formie sprawowania władzy, jak i zbytniemu uzależnianiu się od Iranu.

W 1991 Rada skierowała podległą sobie formację zbrojną, brygadę Badr, na pomoc powstaniu szyitów irackich. Wystąpienie to zakończyło się jednak klęską. Na początku XXI w. organizacja wycofała się z głoszonego wcześniej poparcia dla systemu władzy wzorowanego na irańskim. Lider organizacji Muhammad Bakir al-Hakim zadeklarował, że Irak powinien być krajem demokratycznym i wielowyznaniowym.

Po 2003 thumb|Abd al-Aziz al-Hakim kierował organizacją od 2003 do śmierci w 2009|357x357px Muhammad Bakir al-Hakim wrócił do Iraku w maju 2003, po obaleniu rządów Saddama Husajna wskutek amerykańskiej interwencji, którą partia popierała. Al-Hakim udzielił warunkowego poparcia ustanowionej przez Amerykanów Tymczasowej Radzie Zarządzającej Iraku;