W praktyce szybko jednak zaczęła działać jak zwykła partia polityczna, konkurując z innymi szyickimi formacjami, te bowiem nie chciały ślepo naśladować wzorców irańskich ani zbytnio uzależniać się do wsparcia tamtejszego rządu. Muhammad Bakr al-Hakim był natomiast zwolennikiem systemu sprawowania władzy pod nadzorem autorytetu religijnego, na wzór irański (Welajat-e faghih)M. Farouk-Sluglett, P. Sluglett, Iraq, s. 300 i 359.Ch. Tripp, Historia..., s. 287.. Z poglądu tego wycofał się po 2001, gdy zaczął deklarować poparcie dla demokracji i tolerancji religijnej.
Powrót do Iraku i śmierć 200px|right|thumb|Meczet imama Alego, przed którym zamordowany został Muhammad Bakir al-Hakim Do Iraku powrócił w maju 2003, po obaleniu rządów Saddama Husajna wskutek amerykańskiej interwencji wojskowej. Występował przeciwko amerykańskiej okupacji Iraku i zapowiadał wystąpienie Irakijczyków przeciwko obecności obcych wojsk. Wzywał jednak swoich zwolenników, by nie atakowali żołnierzy koalicji, a swojego brata Abd al-Aziza zachęcił do przyjęcia propozycji zasiadania w Tymczasowej Irackiej Radzie Zarządzającej
W sierpniu tego samego roku zginął w zamachu terrorystycznym na meczet Alego w An-Nadżafie. Po jego śmierci miały miejsce masowe manifestacje szyitów, domagających się wycofania się Amerykanów z Iraku.