Po jednej udanej obronie pasa ponownie stracił mistrzostwo (30 listopada 2003), tym razem na rzecz Brazylijczyka Ricardo Almeidy, który poddał Marquardta duszeniem gilotynowym na 7 sekund przed końcem 1. rundy.
W lipcu 2004 Almeida zwakował pas mistrzowski. Włodarze postanowili zestawić o zwakowane mistrzostwo Marquardta oraz Kazuo Misakiego. Do rewanżu oraz mistrzowskiego boju doszło 7 listopada 2004. Marquardt nie dał szans Misakiemu i wysoko pokonał go na punkty zostając trzeci raz Królem Pancrase oraz utrzymując status gwiazdy w federacji. W maju 2005 obronił mistrzostwo po czym zwakował tytuł i wrócił do kraju wiążąc się z Ultimate Fighting Championship.
UFC W UFC zadebiutował jeszcze w tym samym roku 6 sierpnia pokonując Ivana Salaverry'ego. Po walce okazało się, iż w organizmie Marquardta wykryto substancje nandrolon oraz sterydy anaboliczne lecz ostatecznie nie poniósł ówcześnie żadnych konsekwencji. Po kolejnych trzech zwycięstwach m.in. nad Deanem Listerem stoczył walkę o mistrzostwo wagi średniej z Brazylijczykiem Andersonem Silvą (7 lipca 2007 – UFC 73) lecz nie sprostał mu i przegrał przez TKO w 1. rundzie.