Co więcej, nowe mitochondria powstają przez podział. Chloroplasty również posiadają DNA (cpDNA), o wielkości 150000 par zasad. Genofory mitochondriów i plastydów przypominają więc chromosomy bakteryjne.
Powstaje tutaj pytanie o przyczynę takiego stanu rzeczy. Nie ulega wątpliwości, że początkowo istniały jedynie organizmy prokariotyczne, a więc nie posiadające jądra komórkowego, ani innych typowych dla eukariontów organellów. Pojawiły się one w zapisie kopalnym około półtora miliarda lat przez eukariontami. Wobec tego obecna komórka eukariotyczna z jądrem oraz organellami posiadającymi własne DNA musiała jakoś powstać z komórki prokariotycznej. Są 2 sposoby wyjaśnienia tej przemiany.
Kompartmentacja Teoria kompartmentacji zakłada, że komórka eukariotyczna powstała z prokariotycznej na drodze wyłącznie przemian zachodzących w jej obrębie. Początkowo materiał genetyczny tworzył chromosom bakteryjny. Odznaczał się znaczną redundancją, mógł on ulegać powieleniu, w wyniku czego powstawać mogły liczne jego kopie, jak to się i dzisiaj dzieje i stanowi normę w komórkach bakteryjnych. Jednakże poszczególne kopie mogły nie być replikowane wiernie, mogły zacząć różnić się zawartością, a następnie uczestniczyć w wymianie materiału genetycznego między kopiami.