W 1899 do szkoły uczęszczało 644 dzieci, z którymi pracowało 8 nauczycieli, dwa lata później 651 dzieci i 9 nauczycieli.
W latach 1901–1902 szkoła była miejscem strajku dzieci wrzesińskich – strajku uczniów skierowanego przeciw germanizacji, głównie przeciw modlitwie i nauce religii w języku niemieckim. Obejmował również protest rodziców przeciw biciu dzieci przez pruskie władze szkolne.
W 1902 rozpoczęto budowę nowego gmachu szkolnego, wówczas poza granicami miasta, przy obecnej ul. Szkolnej. Powstanie nowej placówki miało wspomóc wygaszanie strajku oraz rozwiązać problemy lokalowe związane z rosnącą liczbą uczniów. Otwarcie budynku 14 października 1903, w którym znalazła siedzibę Katolicka Szkoła Powszechna, zakończyło funkcjonowanie Katolickiej Szkoły Ludowej we Wrześni.
Dalsze dzieje budynku szkoły Po zakończeniu działań II wojny światowej, 20 marca 1945 w budynku historycznej szkoły wznowiło działalność gimnazjum i Liceum im. Henryka Sienkiewicza (zajęcia odbywały się również w budynku szkolnym przy ul. Szkolnej). Od 1950, po wykwaterowaniu lokatorów, budynek służył jako bursa dla Publicznej Szkoły Dokształcającej Zawodowej (obecny Zespół Szkół Politechnicznych im. Bohaterów Monte Cassino).