W 2004 Amerykanie podejrzewali go o przekazywanie irańskiemu Korpusowi Strażników Rewolucji Islamskiej kluczowych informacji dotyczących funkcjonowania państwa irackiego lub wprost o szpiegostwo na rzecz Iranu. Wstrzymano wówczas finansowanie kierowanej przez niego organizacji.
Cieszył się zaufaniem duchowego przywódcy szyitów irackich Alego as-Sistaniego. Wspierał Muktadę as-Sadra i ruch sadrystowski.
W wyborach parlamentarnych w Iraku w grudniu 2005 jego partia miała początkowo wejść do szyickiej koalicji Zjednoczony Sojusz Iracki, ostatecznie jednak wycofała się z negocjacji w tej sprawie i zdecydowała się na start samodzielny. W wyborach poniosła klęskę, uzyskując jedynie 0,5% głosów. Al-Dżalabi nie zdobył tym samym mandatu deputowanego Izby Reprezentantów. W tym samym roku wszedł jako wicepremier do rządu Ibrahima al-Dżafariego, jednego z liderów szyickiej koalicji Zjednoczony Sojusz Iracki. W kwietniu 2005 został ponadto p.o. ministra ds. ropy naftowej w rządzie al-Dżafariego.