Budowa, prowadzona z przerwami z powodu trudności finansowych, została ukończona w 1827 roku.
W 1864, w ramach kasaty klasztorów katolickich przeprowadzonej przez władze rosyjskie po powstaniu styczniowym, konwent franciszkanów w Stężycy został zlikwidowany. Kościół przeszedł następnie pod zarząd duchowieństwa diecezjalnego i został świątynią filialną parafii św. Marcina.
Kościół odnawiano m.in. w 1888, 1927 i 1930 roku. W XX wieku wcześniejsze pokrycie dachówkowe zastąpiono blachą. W latach 2018–2020 przeprowadzono remont obejmujący elewacje, stolarkę okienną, renowację drzwi, izolację fundamentów i wykonanie opaski odwadniającej, remont dachu oraz schodów zewnętrznych, a także prace konserwatorskie we wnętrzu.
Architektura mały|Wnętrze kościoła
Kościół jest orientowaną funkcjonalnie na osi wschód–zachód budowlą murowaną z cegły i otynkowaną. Został wzniesiony na planie prostokąta jako świątynia jednonawowa. Od wschodu nawę zamyka węższa, półkoliście zamknięta część prezbiterialna, a od północy przylega do niej kwadratowa zakrystia.
Wnętrze nakryte jest płaskim stropem. Ściany nawy rozczłonkowano parami toskańskich pilastrów podtrzymujących profilowany gzyms. W zachodniej części znajduje się drewniany chór muzyczny z prostą balustradą.