Wymagany egzamin maturalny zdała eksternistycznie w gimnazjum chłopięcym w Stuttgarcie w 1891 roku, a wiosną następnego roku wystąpiła do uczelni o zezwolenie na naukę, a senat uniwersytetu przychylił się do jej prośby.
W 1893 roku von Linden rozpoczęła studia w zakresie matematyki, chemii, zoologii i fizjologii. Po śmierci ojca w 1894 roku, by ukończyć naukę, otrzymała stypendium naukowe ufundowane przez niemiecki ruch feministyczny (Allgemeiner Deutscher Frauenverein), którego przywódczyni Mathilde Weber (1829–1901) wspierała starania von Linden w uzyskaniu wyższego wykształcenia. W 1896 roku obroniła doktorat Die Entwicklung der Zeichnung und der Skulptur der Gehäuseschnecken des Meeres, a jej promotorem był Theodor Eimer. Von Linden została na uczelni i pracowała jako asystentka Eimera do jego śmierci w 1898 roku. W 1899 roku została asystentką Huberta Ludwiga (1852–1913) w Instytucie Higieny na uniwersytecie w Bonn, a w 1908 roku objęła kierownictwo nowo powstałego Instytutu Parazytologii. Ministerstwo edukacji nie wydało jej jednak zezwolenia na prowadzenie działalności pedagogicznej i nie mogła nauczać studentów. W 1910 roku uzyskała jako pierwsza kobieta w Niemczech tytuł naukowy profesora, jednakże bez prawa do prowadzenia zajęć dydaktycznych.