Faza pucharowa rozgrywek Ligi Europy UEFA 2015/2016 rozpoczęła się 18 lutego 2016 i została zakończona meczem finałowym, który odbył się na St. Jakob-Park w Bazylei 18 maja 2016. Zwycięzcą została Sevilla FC po wygranej 3:1 nad Liverpool FC.
Terminarz Wszystkie losowania miały miejsce w siedzibie UEFA w Nyonie, w Szwajcarii.
RundaData i czas losowaniaData pierwszego meczuData drugiego meczu1/16 finału14 grudnia 2015, 13:0018 lutego 201625 lutego 20161/8 finału26 lutego 201610 marca 201617 marca 2016Ćwierćfinał18 marca 20167 kwietnia 201614 kwietnia 2016Półfinał15 kwietnia 201628 kwietnia 20165 maja 2016Finał18 maja 2016 na St. Jakob-Park w Bazylei.
Mecze mogły być rozegrane również we wtorki i środy, zamiast czwartków, gdyby pojawiły się problemy z terminarzem.
Zakwalifikowane drużyny Do startu w fazie pucharowej uprawnione były 32 drużyny: 12 zwycięzców fazy grupowej Ligi Europy, 12 drużyn, które zajęły 2. miejsca w fazie grupowej Ligi Europy, 8 drużyn, które zajęły 3. miejsca w fazie grupowej Ligi Mistrzów. Do dalszych etapów turnieju przechodzili zwycięzcy poszczególnych dwumeczów.