Od 1919 pracował w Konsulacie Polskim w Paryżu, a następnie na stanowisku starszego referenta w Ambasadzie Polskiej. Odrzucił propozycję powrotu na Sorbonę w charakterze asystenta i w 1927 zamieszkał w Polsce. Osiadł w Poznaniu, gdzie objął stanowisko starszego asystenta w kierowanej przez prof. Jana Gabriela Grochmalickiego Katedrze Zoologii Uniwersytetu Poznańskiego. Dwa lata później przedstawił rozprawę „Materiały do fauny skorupiaków widłonogich z rodziny Harpacticidae w Poznańskiem i na Pomorzu” i uzyskał stopień doktora filozofii w dziedzinie zoologii. Rok później przeniósł się do Wągrowca, gdzie nauczał biologii w Państwowym Seminarium Nauczycielskim. Po czterech latach powrócił do Poznania, gdzie otrzymał pracę nauczyciela przyrody w Gimnazjum i Liceum im. Marii Magdaleny. Po wybuchu II wojny światowej okupanci przeprowadzili akcję wysiedlania ludności Poznania, Stanisław Jakubisiak razem z rodziną znalazł się w Nowym Przybyszewie koło Grójca. Mieszkał w bardzo trudnych warunkach, ale nie przeszkodziło mu to w kontynuowaniu pracy naukowej. Prowadził badania nad mrówkami żyjącymi na terenach otaczających Przybyszew, po zakończeniu działań wojennych wyniki prowadzonych badań opublikował w pracy „Mrówki okolic Przybyszewa”.