Terminatory transkrypcji występują w DNA wszystkich organizmów, jednak mechanizm różni się u prokariontów i eukariontów. Polimeraza RNA wraz z syntetyzowanym na nici matrycowej DNA fragmentem RNA tworzy stabilny kompleks, który (o ile nie są spełnione określone warunki) nie wykazuje tendencji do samoistnej dysocjacji. Tym samym, gdyby nie istniały mechanizmy sprzyjające dysocjacji tego kompleksu, transkrybowana byłaby także informacja z DNA leżąca poza transkrybowanym genem.
Mechanizmy działania U prokariontów thumb|Schemat przebiegu terminacji transkrypcji u prokariontów. W przypadku terminatorów niezależnych od białka Rho terminacja następuje na spince do włosów, powstającej na transkrybowanym mRNA. W dysocjacji kompleksu polimeraza RNA-RNA-DNA bierze też udział białko NusA, oddziałujące z powstająca strukturą drugorzędową RNA (górna część obrazka). W przypadku terminatorów zależnych od białka Rho białko to przyłącza się do sekwencji rut na transkrybowanej nici mRNA, przemieszcza się w dół do kompleksu polimerazy RNA-RNA-DNA i poprzez oddziaływania allosteryczne powoduje rozpad kompleksu i zakończenie transkrypcji. U prokariontów wykryto dwa mechanizmy terminacji transkrypcji: