Przebudowa wiązała się z potrzebą zaopatrywania koksowni w Odertal (późniejsza Koksownia Zdzieszowice) w węgiel koksujący, który był dostępny w pokładzie Pochhammer (510). Po II wojnie światowej kopalnia została znacjonalizowana, a nazwę zmieniono na Bobrek. W latach 1945–1957 kopalnia należała do Rudzkiego Zjednoczenia Przemysłu Węglowego.
Przy kopalni w latach 40. XX wieku, od sierpnia 1945 roku działał obóz pracy przymusowej. Składał się z 6 baraków. Przebywało w nim około 690 więźniów; zamknięto go w maju 1949 roku
Od 1 kwietnia 1957 roku kopalnia należała do Bytomskiego Zjednoczenia Przemysłu Węglowego. W 1999 zlikwidowano szyb Antoni (wcześniej Anton, szyb kopalni galmanu Elizabeth) przy ul. Świętej Elżbiety, o głębokości 753,53 m.
W 2005 roku kopalnia Bobrek została połączona z bytomską kopalnią Centrum tworząc kopalnię Bobrek-Centrum. Kopalnia Bobrek-Centrum została połączona z kopalnią Piekary 15 grudnia 2015 roku, utworzono w ten sposób kopalnię Bobrek-Piekary, a dawna kopalnia Bobrek stała się ruchem Bobrek tegoż zakładu.
W dniu 30 grudnia 2025 roku wyjechała ostatnia tona węgla co symbolicznie zakończyło wydobycie i rozpoczęło proces całkowitej likwidacji kopalni.