Przejęcie odbyło się z użyciem milicji i ORMO, pod kierownictwem ówczesnej sekretarz PZPR dzielnicy Ochota, która osobiście przybyła na miejsce działań. Teren został otoczony kordonem milicji z pałkami i psami. Funkcjonariusze zerwali siatkę ogrodzeniową, wkroczyli na plac, odcięli prąd. Władze cofnęły decyzję o lokalizacji świątyni i zażądały likwidacji kaplicy w ciągu 2 tygodniu oraz opuszczenia terenu.
Parafianie zdecydowanie stanęli w obronie kaplicy, m.in. pełniąc stałe dyżury na jej terenie. Wsparcia parafii udzielił prymas Wyszyński, który oświadczył władzom państwowym i lokalnym, że jeżeli kaplica na Rakowcu zostanie zniszczona, to on wyda pozwolenie na przechowywanie Najświętszego Sakramentu w domach prywatnych. Wobec zdeterminowanej postawy prymasa i wiernych władze nie zdecydowały się na odebranie w millenijnym 1966 roku całego terenu parafii, choć pozostawiły jedynie ok. 35% pierwotnej działki, resztę przeznaczając pod przedszkole.
W 1972 została ostatecznie wydana zgoda na budowę świątyni. Projekt kościoła opracował Leszek Kołacz z zespołem. 30 kwietnia 1976 odbyło się uroczyste wmurowanie kamienia węgielnego.