W latach 1987–1993 pełnił funkcję prodziekana, a w latach 1996–2002 dziekana Wydziału Inżynierii Lądowej. Następnie objął stanowisko dyrektora Instytutu Konstrukcji Budowlanych, na którym pozostał do 2005 r. Po przejściu na emeryturę w 2006 r. ponownie podjął pracę na SGGW na Wydziale Inżynierii i Kształtowania Środowiska (dawniej Wydział Melioracji Wodnych) jako profesor nadzwyczajny, gdzie pracował na pełnym etacie do ostatnich dni życia. Zmarł w Warszawie, po krótkiej chorobie. Spoczął w grobie rodzinnym na warszawskich Starych Powązkach.
Wojciech Żółtowski był autorem lub współautorem ok. 160 prac drukowanych o charakterze naukowym, dydaktycznym lub praktycznym. Wykształcił około 210 inżynierów i magistrów na Politechnice Warszawskiej oraz około 45 na SGGW. Wypromował 6 doktorów, wykonał opinie 9 prac doktorskich, 5 recenzji w postępowaniach habilitacyjnych, a także opiniował 2 wnioski na tytuł profesora nauk technicznych.