W latach 1852–1853 wraz z bratem Józefem odbywał podróże po Galicji, których celem była inwentaryzacja zabytków. W latach 50. był jednym z artystów wykonujących ilustracje do Wzorów sztuki średniowiecznej Aleksandra Przezdzieckiego i Edwarda Rastawieckiego. Przygotował ponad 150 akwarel, z których opublikowanych zostało około 30. W 1869 r., przed konserwacją kaplicy Świętokrzyskiej w katedrze wawelskiej prowadzoną w latach 1870-1872 przez Pawła Popiela, Łepkowski wykonał przerysy malowideł, znajdujących się wówczas w bardzo złym stanie. Wykonane przez niego na kalkach rysunki kolorowane akwarelą zachowały się w zbiorach Muzeum Uniwersytetu Jagiellońskiego. W trakcie prac prowadzonych w latach 1873-1878 w grobach królewskich w katedrze wawelskiej, którymi kierował jego brat Józef, Ludwik wykonywał dokumentację rysunkową (zachowaną m.in. w tzw. „Tekach [Józefa] Łepkowskiego” w Muzeum Uniwersytetu Jagiellońskiego). W latach 1876–1877 wykonał serię rysunków przedstawiających portale i detale architektoniczne krakowskich budynków (obecnie w zbiorach Muzeum Historycznego Miasta