thumb|240px|Zespoły występujące w IV Lidze (makroregionalnej) w sezonie 1999/2000 Jagiellonia Białystok przystąpiła do rozgrywek IV Ligi (makroregionalnej) oraz Pucharu Polski od I rundy.
Przed sezonem doszło do fuzji 2 klubów sponsorowanych przez "Wersal Podlaski", Jagiellonii i KP Wasilków, dzięki czemu powstała jedna drużyna o nazwie Jagiellonia Wersal Podlaski Białystok.
IV poziom rozgrywkowy Jagiellonia w dobrym stylu wywalczyła sobie awans do III ligi, niewątpliwie wpływ na to miała fuzja z KP Wasilków oraz wsparcie finansowe sponsora. Awans nie przyszedł łatwo, choć Jagiellonia w całym sezonie zremisowała 3 razy i tyle samo przegrała, to lepszą drużyną okazał się Znicz Pruszków. Białostoczanie musieli odbyć dwumecz barażowy z Spartą Szepietowo, dzięki zwycięstwom "Jaga" mogła świętować awans do III ligi.
Do Jagiellonii powróciło kilku "starych" graczy, z Wasilkowa wraz z innymi zawodnikami powrócili Markiewicz, Prokop i Dymek. Z Legii Warszawa - Dariusz Czykier, a z Hetmana Białystok - Zbigniew Szugzda.