W latach 1964–1990 Halina Żakowa kierowała Pracownią Stratygrafii Oddziału Świętokrzyskiego Instytutu, uczestnicząc w badaniach geologicznych, prowadzonych przez PIG oraz Górnictwo Naftowe. W 1964 roku zorganizowała w kieleckiej siedzibie Instytutu muzeum geologiczne. Od 1974 roku była członkiem Komisji Nauk Geologicznych PAN Oddział w Krakowie. W latach 1976–1980 wykładała paleontologię na Wydziale Nauk o Ziemi Uniwersytetu Śląskiego. Była uczestniczką i organizatorka licznych krajowych i międzynarodowych kongresów oraz konferencji poświęconych stratygrafii karbonu i permu. W 1981 roku uzyskała tytuł profesora nadzwyczajnego nauk przyrodniczych. W 1987 roku prowadziła badania w Algierii. Była członkinią Polskiego Towarzystwa Geologicznego (od 1951 roku), Kieleckiego Towarzystwa Naukowego (od 1958 roku) oraz niemieckiego Palaeontologische Gesellschaft. Na emeryturę przeszła w 1995 roku.
Halina Żakowa była autorką ponad 140 prac z tematu geologii i paleontologii, z czego 24 stanowiły monografie i rozprawy.